位(🎐)于东京西部的巨大“学园都市”。在总(🦁)人口达(🤞)230万人，其中约8成是学生的这座都(🐁)市中，实施着超能力开(😇)发的特殊(🐜)课程，学生们的能力(📚)被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶(🦃)段评价。 　(🌠)　高(🏼)中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐(🍪)藏在(🔶)右(🛤)手中的力(👅)量——只要是异能之(📻)力，就连神的加护(🚑)都能消(👍)除(🎆)的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙(🌞)山的“无能力”，过着(🈴)充(🚍)满不幸的人生。 　　而上条的学生生活，由于(🔖)暑假开始时从天而降的纯(👛)白修女(😈)而发生了巨大的变化。自从与逃(⛹)离“魔(🥀)法”世界的(🔳)她—(🐀)—“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上(🚸)条就被卷入(🎄)了各种各(🙅)样的事件中。统率学(📲)园都市的“科学”方、与茵蒂(🌙)克丝关联(👬)的“魔(🤑)法”方，在惊险地解决(🐿)双(🔑)方事件的过程中，他的人际(😇)关系也(💓)逐(👌)步扩展。之后，魔法一方(🛷)的十字教最大宗派(👤)罗马正教，终(🥁)于注意到上条的存在……。 　　如同呼应魔法方一般(🚴)，科学方的(🥑)学(🈳)园都(🚗)市也有所动作。但也有与(🔒)逐渐开始对立的世界(📁)动向抗争的人不断(🍯)出(🧡)现。那些通过与上条有所关联，而使(🗾)命运大为改变的(❄)“英雄”们。 　　他们挺身而出(🍣)与世界(⚾)对(👄)峙。如(🐙)同上条当麻做过的(🍟)那样。 　　科学与魔(🈂)法第三(🥩)次交(🐤)织之时(🎊)，故(🐬)事将大幅推进！！