位于东京西(🍝)部的(🐮)巨(👥)大“学园都(👂)市(🚸)”。在总人口达230万人，其中约(🥤)8成是学生的这(⛽)座(🤲)都市(👲)中，实施着超能力开发的特殊课(🎒)程，学生(💥)们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力(🤫)Level 5”的(😍)六阶段评价。 　　(🤘)高中(👖)生上条当麻，也是住在学园都市的(🧐)学生之一。他由于隐(🐧)藏在右(🏔)手中(🎫)的力量——(👺)只要是异能之力，就连神(🥩)的加护都能(⏮)消除(💵)的“幻想杀(📮)手Imagine Breaker”，而被评(🈴)价(🐰)为名落(🐟)孙山的“无能力”，过着充满不幸(🦎)的人生。 　　(🌀)而上条(🗾)的学生生活(🦍)，由于暑假开(🍓)始时从天而降的纯白修女而(🔱)发生了巨大的变化。自从(😵)与逃离“魔法”世界的她——“禁书(👞)目录茵蒂克丝”相遇开始，上(🌐)条就被卷(🔍)入了各种各样的事件中。统(🕺)率学园(🚴)都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的(👨)“魔法”方，在惊险地解决双方事件的(🏼)过(🕑)程中(🏥)，他(🛍)的人际关系也逐步扩展。之(🤹)后(⬇)，魔(🤪)法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到(⬜)上条的存(💴)在(😢)……。 　　如同(👸)呼应魔法(🎺)方(⚫)一般，科学(💈)方的学园都市也有所(🕘)动作。但也有(🥊)与逐(😍)渐开(🏁)始对立的世界动(👛)向(🥞)抗(📭)争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而(👽)使命运大(🔀)为改变的“英雄”们。 　　他们挺身而出与(🕳)世界对峙。如同上条当麻(🥜)做过的那样。 　　科(🍓)学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！